הוצאת הספרים חרגול נוסדה ב-1998 על-ידי העורך והמתרגם דן דאור ז"ל ויהונתן נדב (חיליק), ובשנת 2003 הצטרף אליה אלי הירש כעורך המקור של ההוצאה ושל סדרת הפרוזה העברית חרגול פלוס.
הנזיר והפילוסוף מאת ז'אן-פראנסואה רוול ומאתייה ריקאר היה הספר הראשון שראה אור בהוצאה, והוא זכה להצלחה מיידית ונמכר באלפי עותקים. מאז פורסמו בחרגול מאות ספרים, בעיקר ספרות יפה וספרי עיון, מקור ותרגום, אשר זכו לשבחי הביקורת, במיוחד על ההקפדה של ההוצאה על איכות הכתיבה, התרגום, העריכה והעיצוב ("חרגול היא הוצאה שאם תיקחו ליד אחד מספריה, סיכוייכם לטעות קלושים", כתבה ב-ynet נועה מנהיים ב-2002).
מינואר 2006 ועד סוף אפריל 2013 פעלה חרגול בשיתוף פעולה עם הוצאת עם עובד, ובמאי 2013 חתמה חרגול על הסכם שיתוף פעולה עם הוצאת מודן ומאז ספריה רואים אור תחת השם חרגול־מודן, אך ממשיכה לפעול כמערכת עצמאית. בראיון לעיתון הארץ אמר יהונתן נדב: "הגורם שהביא אותנו להחלטה הוא במידה רבה מצבו של שוק הספרים בישראל. בנסיבות הקיימות יש בהתקשרות עם הוצאת מודן יתרון כלכלי משמעותי עבורנו. אני מבקש להדגיש שאנו עוזבים את עם עובד, שהיתה לנו במשך שש שנים בית שני, חם ותומך, בידידות רבה. אל השותפות עם מודן אנו הולכים בתקווה ובאופטימיות, ומאמינים שגם בה נמצא בית חם, יצירתי ומרתק".
בין סופרי המקור שספריהם ראו אור בהוצאה: יאיר אסולין, תמר גלבץ, חדי דגן, אלון חילו, צבי טריגר, נועה ידלין, אהרון מגד, אביבית משמרי, נילי לנדסמן, מאיה ערד, אלונה פרנקל, דן צלקה, והמשוררים אהרון שבתאי, נעם פרתום ואלי הירש.
