הרומן קיבוץ ברלין מגולל את סיפורו של אורי דולב, בן קיבוץ מהגליל העליון, קיבוץ הדוגל בחינוך פרוסי ושמוצניקי קפדני. עולם מבודד בפני עצמו. הוריו, כשאר מקימי הקיבוץ, הם ניצולי שואה יקיים, אנשי עמל נוקשים, הדורשים הרבה מעצמם ומאחרים וממעטים להפגין רגשות. גם דודו של אורי, קונץ, חי בקיבוץ, אך לא החליף עם אביו של אורי מילה כבר עשורים ארוכים. הסיבה לריב הזה היא תעלומה שתלווה את אורי לאורך כל הספר.
אורי מאוהב כל ימיו בנורית שחורי היפה, הילדה המוזרה של הקיבוץ שבגיל ההתבגרות קמה ונסעה לשוודיה והשאירה בליבו חור גדול. כמצופה ממנו, אורי מתגייס והופך לקצין קרבי בסיירת מובחרת, אך שירות המילואים במלחמת יום הכיפורים מטלטל את חייו. הוא עוזב את הקיבוץ לקריירה תקשורתית שבעיצומה הוא נחשד בריגול.
הפרשה הסבוכה והקפקאית מביאה אותו לעזוב את הארץ ולהשתקע בברלין לשנים רבות. אך בעוד שאורי יכול לעזוב את הקיבוץ, מתברר שהקיבוץ לעולם לא יוכל לעזוב את אורי.