הוצאת ספרי אחוזת בית נוסדה מתוך בחירה אידיאולוגית ותרבותית כהוצאת ספרים הנוטלת חלק פעיל בכל מרחבי המערכת התרבותית ומוציאה לאור ספרים בסוגות רבות ומגוונות.
שרי גוטמן, המו"לית והעורכת הראשית של ההוצאה, שימשה בין השאר העורכת הראשית של כנרת זמורה-ביתן בתקופה המיזוג בין שתי ההוצאות. בסוף 2003 פרשה שרי גוטמן מתפקידה כדי לייסד בית הוצאה לאור שיביע את אהבתה לספרות ולספרים ואת הכבוד שהיא רוחשת למערכת הספרותית על כל גווניה: החל מניסיונות פואטיים המבקשים לפרוץ מן השוליים למרכז, וכלה בספרות בשלה שיש לה משקל תרבותי מכל סוג שהוא.
בשנת 2010 חתמה ספרי אחוזת בית על הסכם שיתוף פעולה עם משכל (הוצאות ידיעות ספרים), שמטרתו לתת לאחוזת בית את הזכות להשתמש בפלטפורמה שיווקית, כלכלית ופרסומית חזקה ומבוססת, ובה בעת לשמור על עצמאות מערכתית מוחלטת.
